殺生丸の娘・日暮とわは現代で育ったが、双子の妹・せつなの失われた記憶を取り戻すため戦国時代へと戻った。双子の妹・せつなと犬夜叉とかごめの娘・もろはと共に旅を続けていたが、獣王・麒麟丸との激しい戦いによってせつなが倒されてしまい…？

「半妖の夜叉姫 弐の章」は、半妖の少女たちの新たな物語が描かれます。夜叉姫の使命が明かされ、激動の第2期が展開します。物語は、麒麟丸との戦いで命を失ったせつなを救うため、とわが何をするのかという疑問から始まります。彼女たちが新しい力を手に入れ、戦いの行く末を追いかける展開は視聴者を引きつけます。