"BLACK CAT"は、かつて秘密結社「クロノス」の荒事専門部隊“時の番人”として恐れられたトレイン=ハートネットが、掃除屋の少女サヤとの出会いをきっかけに組織を抜け、自由な生き方を求める物語。特殊金属オリハルコン製の装飾銃ハーディスを持つトレインは、元国際捜査官のスヴェン、ナノテクによるトランス能力を持つイヴ、女盗賊リンスと行動を共にし、新たな目的を達成するために戦う。一方、トレインを追い続ける元クロノスのクリードとの間で壮絶なバトルが繰り広げられ、彼の心に変化が訪れる。