中世とデジタルが共存する世界、「ナイトン王国」で繰り広げられる、ネックスナイツと悪のモンスターたちとの戦いのアクションコメディ。王国に遣える道化師、ジェストロは、モンスターの書の誘惑により悪の道へ。そして、モンスターの書に導かれるまま、王国を攻撃する。ネックスアカデミーを卒業したばかりの若い5人のネックスナイツたちは、ジェストロの攻撃から王国を守るため、師匠であるマーロック2.0の指導を仰ぎながら、ネックスパワーを使って戦う。ジェストロとの熾烈な戦いの際にコンピューターシステムの中に入り込んでしまった、デジタル魔術師 マーロック2.0。彼は、システムの中からネックスナイツたちに、ネックスパワーをダウンロードさせ、戦いを勝利に導く。