八十年の時を越え、ウルク国に再び現れたドルアーガの塔。仲間と共に最上階を制した登頂者ジルを待っていたのは、信じていたカーヤの手ひどい裏切りだった。謎の目的を胸に秘めるニーバと「幻の塔」へと消えていくカーヤ。ジルは失意と共に最下層へと流されていく。カーヤは何を求めていたのか。自分は何を望んでいるのか。生きる気力を失い、答えのない問いを抱えたまま時を過ごすジル。だが、彼の目の前に謎の少女カイが現れ、運命は再び動き始める。失われたはずの願いを胸に、ジルは再び登頂者となって果てなき塔の冒険に挑む。