好奇心が旺盛で不思議なことが大好きな朝日奈みらいは、中学2年生になる春休み、魔法つかいの少女・リコと出会う。奇跡と魔法に導かれて、リコと共に伝説の魔法つかい「プリキュア」に変身！みらいが大切にしているクマのぬいぐるみのモフルンや、「リンクルスマホン」から生まれた妖精のはーちゃんとも手を取り合って、「魔法界」と「ナシマホウ界（人間界）」というふたつの世界に迫った混沌を退ける。しかしそれはみんなの別離を伴うものだった。数年後に奇跡的な再会を果たしたみらいたちは、それぞれの世界で、それぞれの未来へ向かって歩み始める。みらいはナシマホウ界で大学生に。魔法界に戻ったリコは、魔法学校の先生に。モフルンは変わらずみらいの隣に。そして、はーちゃんは遠いところから世界を見守る存在に――。だが、そんななか、魔法界とナシマホウ界に新たな災いが現れて……？新たな災いの兆しをきっかけに、数か月ぶりの再会を果たしたみらいとリコ。謎の敵を退ける一方で、ふたりは自分たちの過去、そして未来と向き合うことになるのだった――。「キュアップ・ラパパ！」の魔法の言葉で、ワクワクもんの物語がいま再び動き出す！

「魔法つかいプリキュア！！～MIRAI DAYS～」はプリキュアシリーズ第13作目の「魔法つかいプリキュア！」の続編。前作で魔法界と人間界の危機を脱した主人公たちが、数年後の成長した姿で新たな災いに挑んでいきます。プリキュアとしての戦いを描く一方で、それぞれが過去を振り返りながら、未来へと進む姿が見られます。