「レゴ ニンジャゴー 天空の海賊編」は、モローとの戦いに勝利し、大人気アイドルとなったニンジャたちが新たな敵と戦う物語。ウー先生の下で修業をつむ6人のニンジャたち —カイ、ジェイ、コール、ロイド、ゼン、ニャー—は、エレメント・マスターの子孫で特別な力を受け継ぐ。新たな敵は、海賊ミスフォーチュンを率いる魔神ナダカーン。3つの願いをかなえる特別な力を持つ魔神が、海賊の仲間とともにニンジャを襲う。果たして6人のニンジャたちは、ニンジャゴーの世界を守れるのか。