「アイアンマン ライズ・オブ・テクノヴォア」は、アイアンマンがテロの首謀者として仕立て上げられ、新種のウィルス「テクノヴォア」を操る新たな敵と戦う物語。新型有機テクノロジーアーマーを開発した天才技術者エゼキエル・ステインが人工衛星の発射場にテロ攻撃を仕掛け、アイアンマンを事件の首謀者に仕立て上げる。アイアンマンは自らの疑惑を晴らすべく、国家組織S.H.I.E.L.D.の追撃をかわしつつ、エゼキエルとの決戦に挑む。