８年前、世界に広がる独立スパイ組織、シタデルは新たなシンジケート、マンティコアによって崩壊させられた。記憶を消された敏腕エージェント、メイソン・ケイン（リチャード・マッデン）とナディア・シン（プリヤンカー・チョープラ―）はなんとか生き残ることができた。８年後、メイソンの元同僚のバーナード・オーリック（スタンリー・トゥッチ）はマンティコアが新たな世界秩序を作るのを阻止すべく、メイソンに協力を求める。

「シタデル」は、8年前に新たなシンジケート、マンティコアによって崩壊させられた独立スパイ組織、シタデルの生き残りであるメイソン・ケインとナディア・シンの物語。記憶を消された彼らは、元同僚のバーナード・オーリックからマンティコアが新たな世界秩序を作るのを阻止するための協力を求められる。過去の恋愛、裏切り、秘密の技術、そして自身の過去の罪に直面しながら、彼らは世界を救うために戦う。