「スター・トレック」は、若きクルーが最新鋭のスターシップ、エンタープライズ号で処女航海に挑む物語。天体規模の巨大な雲状の「何か」が銀河系を進行し、その進路上には地球がある。迎撃可能な宇宙船はエンタープライズだけで、提督に昇進したカークが再び指揮を執る。彼らは雲の中に「ヴィジャー」がいることを突き止め、ヴィジャーが自らを造り出した創造者を捜し、一体になろうとしていることを知る。地球上の人類が創造者との交信を阻んでいると判断したヴィジャーはその抹殺を謀るが、カークが創造者を教える条件で直接ヴィジャーに会いに行く。