18歳の高校生・安藤純は、書店でBL本を購入する同級生・三浦紗枝と遭遇する。「みんなに黙ってて」と懇願する紗枝に、純は「ファンタジーだなぁ」と答える。紗枝にBL好きを知られたくない過去がある一方、純は同性愛者であることを親友や母にも隠していて…。

「腐女子、うっかりゲイに告る。」は、ゲイの少年と腐女子の少女が主役の純粋でねじくれた青春群像劇です。二人は“ゲイ”“腐女子”という単純なラベリングに抗い、“私”と“あなた”として誠実に関係を築き始めます。その姿がクラスメイトや周囲の大人たちの心を波立たせていきます。彼らの挑戦は、自分自身のアイデンティティを見つめ直すきっかけとなり、周囲の人々にも大きな影響を与えます。