諸国漫遊から戻った黄門様・水戸光圀（東野英治郎）だが、じっとしていられず西山荘にて晴耕雨読の日々を過ごしている。そのころ、江戸では五代将軍・綱吉が寛永寺参拝中、何者かに狙撃されるという大事件が起こる。現場に残された短銃から、御三家のひとつ・尾張家に疑いがかかるが、実は尾張家に恨みをもつ一族が天下騒乱を目論んで仕組んだ罠だった。黄門様は激怒する将軍・綱吉をなだめ、真相解明と陰謀阻止のため尾張に向けて旅立つことに。また、一味も黄門様の動きを阻止すべく、刺客として梟の左源太（三浦浩一）を差し向ける。尾張への道中、左源太のからくりが黄門様一行に次々と襲い掛かる。こうして、波乱含みの13度目の世直し旅が始まった。