諸国漫遊から帰った黄門さま（佐野浅夫）一行は、水戸で平和な暮らしをしていた。 しかし、ある日飛猿（野村将希）たちが碁らす伊賀の柘植の里から、瀕死の忍びがやって来る。忍びは黄門さまに伊賀の領民を救って欲しいと言い残し、息を引き取った。　黄門さまは助さん（あおい輝彦）格さん（伊吹吾朗）八兵衛（高橋元太郎）と共に伊賀へと旅立つ。伊賀では奉行の繁田九郎兵衛（原口剛）が病弱の城代、安西篤之亮（小笠原弘）に取って変わろうと悪事を画策していた。そのために苦しめられるのは罪の無い頒民たちだった。その上、伊賀上野衆の忍び重左（縢堂新二）が 繁田に与し、年貢の取立などを手伝っているため、人々はより一層つらい思いをしていた。飛猿は、重左に手を引くよう頼むが、重左は聞く耳をもたない。重左の妻沙耶（藤田佳子）はかつて飛猿とは恋仲だった女。飛猿は複雑な心境だ。繁田は自分の野望のため、伊賀に着いた黄門さまを、亡きものにしようと企てる。 繁田の企みを探ろうとした女忍び霞（松原佑奈）が重左に捕まった。　重左は霞を囮に黄門さまを誘き出そうとするのだが……。