水戸の西山荘で、晴耕雨読の毎日を送っている黄門様（里見浩太朗）のもとへ、江戸から急の手紙が届く。駿府の久能山東照宮に神君家康公の幽霊が出るというのだ。将軍・綱吉（堤大二郎）が自ら駿府に赴くと知り、黄門様はそれに同行しようと江戸へ出発する。そのころ江戸では、身分の高い侍が何者かに狙撃されて殺される事件が起きていた。お娟（由美かおる）の調べで、その侍は幕府を巻き込むお家騒動を起こした、黒川藩の筆頭家老だったことが分かる。そしてお家騒動の関係者は最近、同じ手口で次々と殺されていた…。