「ラスト・リゾート 孤高の戦艦」は、マーカス艦長が指揮する米原子力潜水艦「コロラド」が、通常ルートから外れた核ミサイル発射指令を受け、その信憑性を疑い指令を拒否するところから始まる。その結果、艦長職を解かれ、味方であるはずの米海軍から攻撃を受ける。信用できる者がいなくなった乗組員たちは、米政府を牽制しながらNATOのレーダーステーションがあるインド洋の孤島に上陸し、真相究明に乗り出す。