「アイ・アム・ナンバー4」は、世界に散らばった9人の選ばれし者たちの物語。彼らは追手から逃れるために町を転々とし、正体を隠して生活している。その中の一人、ジョン・スミスは“ナンバー4”と名乗り、3人が何者かに殺されたことを知り、自分が次のターゲットであることを予見する。転校先の高校で恋に落ち、特殊能力が開花するジョンは、自らの使命を悟り、残りの仲間を探し、謎の敵との壮絶な戦いに挑むことを決意する。