前作で結ばれたシュレックとフィオナ姫。二人がハネムーンから帰ってくると、フィオナの両親であるハロルド国王とリリア王妃の使いが訪ねてくる。両親はフィオナの結婚を知り、国に招こうとするがシュレックは気が乗らない。フィオナの説得にシュレックは渋々了承し、ドンキーを連れて両親の待つ国を目指す。着いた国はシュレックには予想外の大都会で、出迎えたハロルドとリリアは娘の結婚相手が緑の化け物だと知り、呆然としてしまう。そんな両親の姿にフィオナはショックを受け、自室に閉じこもり、シュレックも家に帰ると言い出す。一方、ハロルド王は妖精であるゴッドマザーにある約束を破ったと詰め寄られていた。

「シュレック2」は、アカデミー賞長編アニメ賞受賞作品「シュレック」の続編です。主人公シュレックはフィオナ姫と結婚し、幸せな日々を送っていますが、その結婚に反対する姫の父親が長靴を履いたネコを雇い、陰謀を企てます。新たな仲間とともに、シュレックはおとぎの国でのファンタジックな大冒険を繰り広げます。この物語は、家族の絆や友情、愛情を描き出し、視聴者に感動と笑いを提供します。