ニューヨークのセントラルパーク動物園で暮らすライオンのアレックス、シマウマのマーティ、キリンのメルマン、カバのグロリアは親友同士で楽しく暮らしていた。しかしある日、シマウマのマーティが動物園から脱走してしまう…！マーティを連れ戻そうと他の3頭も脱走騒ぎを起こしてしまう。結局4頭は、動物園へ戻されたものの、アフリカの自然界へ送り返されることに。4頭はアフリカ行きの船に乗ったものの、途中で漂流してしまいたどり着いた先は都会のニューヨークとは正反対の自然豊かなマダガスカルだった…？！

「マダガスカル」は、都会育ちの4頭の動物たちが主人公の感動的なアドベンチャー映画です。ニューヨークの動物園から脱走した彼らは、人間に捕まり船で連れ去られ、未知の島マダガスカルに漂着します。そこで彼らは、野生の島での生活に適応しながら、困難を乗り越えていくサバイバルを繰り広げます。彼らの勇気と友情が試される中、視聴者には彼らの冒険と成長を共に体験する機会が与えられます。