動物園でかつて人気者だったタコのデーブは、その人気を横取りしたペンギンに恨みを抱いていた。そこでデーブは人間の姿をしたオクト博士に変身し、独自に開発した技術で世界中のペンギンから可愛さを奪い復讐しようと計画していた！その計画を知ったペンギンズのメンバーたちは、偶然にも同じ敵を持つ北極の動物たちで結成された動物諜報員のエリート部隊「ノース・ウィンド」と協力して、敵の計画を阻止しようとする！ペンギンズのメンバーたちは、デーブの作戦を阻止して、ペンギンの危機を救うことができるのだろうか？！

「ペンギンズ FROM マダガスカル ザ・ムービー」は、大ヒットアニメーション「マダガスカル」シリーズから派生した作品です。本作では、シリーズで人気のペンギンズが敏腕スパイとして大活躍します。派手なアクションが満載で、極悪タコ軍団に立ち向かうストーリーが展開されます。さらに、新キャラクターも登場し、物語はさらに盛り上がりを見せます。ペンギンズの活躍を描いたこの作品は、アクションとユーモラスな要素が融合したエンターテイメント作品となっています。