Jが「MIB」の一員となってから5年が経った。今やエリート捜査官となった彼は、業務を次々とこなし活躍、Kは引退していた。ある日凶悪なエイリアン、カイロシアン星人・サーリーナが地球に侵入。セクシーランジェリーのモデルに化けた彼女によってMIBの本部が乗っ取られてしまう。運よく難を逃れたJ。郵便局員となっていたKと再びコンビを組むことに。しかし彼はすでにエージェントとして働いていた頃の記憶を消され、平和に暮らしていた。果たしてKの記憶は戻るのか？そして地球の運命は？再びこのコンビが地球を救ってくれるのか……。

「メン・イン・ブラック2」は、大ヒットSFアクションコメディの続編で、セクシーなエイリアンがMIB本部を占拠するというストーリーです。前作を上回る数のエイリアンや新兵器が登場し、スケールアップしたアクションが展開されます。ウィル・スミスとトミー・リー・ジョーンズの名コンビも健在で、彼らの活躍が見どころの一つです。