牛島は黒龍会殲滅のため奔走するも、なかなかその実態を掴めずにいた。捜査を続けるなか、牛島は突如黒龍会の人間から狙われる。遊撃課の人間として、その存在を知られていないはずの自分が狙われたことで、牛島は内通者の存在を疑い始める。

「ソタイ2 ?組織犯罪対策部vs反社会勢力?」は、犯罪都市・新宿を舞台に、組織犯罪対策課、通称“ソタイ”とヤクザ組織の戦いを描いた作品です。シリーズ第2弾となる本作では、警察内部に疑惑が渦巻き、善と悪が不吉に入り乱れる中、遊撃課は前へと進みます。裏切り者の存在を肌で感じた主人公・牛島は、自らの正義を胸に強硬手段に出ます。混沌とした状況の中でも、彼らは正義を貫くために立ち向かう姿が描かれています。