ヒミツキチに憧れる小学5年生・ヒロトの前に現れたのは、自称ニンチューバーでニンジャの少年・トンカチ。ヒロトの家で見つかった伝説の忍具 『ニンジャボックス』 を使って二人は 『ヒミツキチ』 を作ることに。ヒミツキチをパワーアップさせる為、ヘンテコだけどトンデモねーニンジャ 『ヌケニン』 を集めまくる中、ニンジャボックスを狙うナゾの敵 『ブッコワ社』 まで現れた！ ニンジャボックスを巡り、全く新しいハチャメチャニンジャ物語が今、始まる！