15年前、地球に出現した宇宙船は、青い光を放出し大量の人間を吸い上げていった。彼らエイリアン〈ハーベスター=収穫者〉の目的は、人類を資源に使うこと。母親が妊娠中に捕えられ、青い光の影響で特殊なDNAを持って生まれたローズは、父親代わりのマークらと抵抗軍を結成。10年後、リーダーに成長した彼女は、コアドライブを積んだアルマダ艦を打ち破り〈ハーベスター〉は地球から姿を消した。それから5年、戦いで心に傷を負い抵抗軍を離れていたローズは、コアドライブが敵の惑星コバルトワンに転送されていたことを知らされる。既に〈ハーベスター〉は反撃の準備を整え、洗脳から逃れ地球で暮らす30億もの〈パイロット〉を再び操り始めるという。残された時間は72時間。地球では〈パイロット〉の群れが人々を襲い始めていた――。