「新宿大災害」から5年後、レスキュー隊員･孤門一輝は非公然防衛組織TLTへの配属を突如命じられる。そこへ向かう途中で彼は謎の怪物ペドレオンに遭遇する。諦めかけた孤門を救ったのは、赤い光の中から降臨した銀色の巨人「ウルトラマン」だった。ハードSF的世界観で展開される、今までにない異色のウルトラシリーズ。

「ウルトラマンネクサス」は、レスキュー隊員の孤門一輝が非公然防衛組織TLTに配属され、謎の怪物ペドレオンと遭遇する物語。孤門が諦めかけた時、赤い光から銀色の巨人ウルトラマンが現れ、怪物を倒し孤門を救う。その後、孤門はTLTの実働攻撃部隊ナイトレイダーへ入隊し、人々の記憶を消す組織のやり方に困惑しながらも、ウルトラマンネクサスを信じて戦い続ける。ハードSF的世界観で展開される異色のウルトラシリーズ。