胸に蝶の刺青を持つ金庫破りパピヨンは、無実の罪で、南米フランス領ギアナの監獄に送られる。移送中の船の中で、パピヨンは天才偽造職人ルイ・ドガと知り合った。ドガは金を狙ったほかの囚人たちに襲われるが、パピヨンが救う。そこから絆を深めていく2人。囚人たちは、劣悪な環境と苛酷な労働で、バタバタと命を落としていく。当初、脱獄意思の無かったドガも、生命の危機を前に気持ちが揺らぐ。パピヨンは、ついに脱獄を決意する。だが――。