日本の高度経済成長が始まった1958年。大きな川の上流、山間の集落で暮らす少年ユウチャ。森林伐採の影響もあるのか、家族は年々深刻化していく台風による洪水の被害に脅かされている。夏休みの終わり、集落に紙芝居屋がやってきた。演目は土地にずっと伝わる里の娘・お葉と山の民である木地屋の青年・朔の悲恋。お葉の涙が溢れかえるように数十年に一度、恐ろしい洪水が起きるという。紙芝居の物語と不思議なシンクロを体験したユウチャは、現実でも家族を脅かす洪水を防ぎ、さらには哀しみに囚われたままのお葉の魂を解放したいと願い古くからの言い伝えに従って川をさかのぼり、山奥の淵へ向かう・・・