ロンドンでブラウン一家と平和に暮らしていたパディントンのもとに、故郷から1通の手紙が届く。育ての親のルーシーおばさんが、パディントンを恋しがって元気がないというのだ。パディントンとブラウン一家は休暇を利用してペルーへ行くが、ルーシーおばさんは眼鏡と腕輪を置いて失踪していた。おばさんが残した地図を手掛かりに、パディントンたちはインカの黄金郷があるというジャングルの奥地へとルーシーおばさんを探す旅に出る！
だが、都会暮らしに慣れてしまい野生の勘を失ったパディントンは次々と大ピンチに遭遇。