愛されキャラのクマ・パディントンが故郷ペルーで繰り広げる大冒険。

ロンドンでブラウン一家と幸せに暮らす彼は、100歳を迎えるルーシーおばさんに会うためペルーを訪れるが、おばさんは行方不明に。

パディントンとブラウン一家は、おばさんの手がかりを求めてアマゾンの密林やアンデス山脈へと旅に出る。

やがて「消えた黄金郷の秘密」に迫る大事件に巻き込まれていくのだった...。