表向きには解決できない問題を秘密裏に処理する存在、それが裏社員。阿川建設の裏社員たちに下された指令は、複合商業施設建設のため、寂れたシャッター商店街を取り壊すことであった。

しかし、ライバルの川端建設も同じ目的で裏社員を送り込んでおり、両者はターゲットである大地主を巡って火花を散らす。

だが、任務を進めるうち、彼らはなぜか地元住民たちに好かれてしまう。商店街の再建を目指す人々も現れ、事態は混沌と化していく。