「ミッドナイト・アカデミー 秘密の扉」は、新学期前夜、怖い噂が囁かれるフォン・スタフェン学校に進学するユジーン、セボラ、フリーダの冒険を描く。噂を確かめるために学校に忍び込んだ彼らは、肖像画から抜け出た男爵の幽霊と遭遇し、フリーダが連れ去られてしまう。ユジーンとセボラは力を合わせ、フリーダを救出に向かうが…。不思議な世界での体験を通じて、友情と勇気を試される彼らの物語が展開する。