あらすじ

アメリカの原子力潜水艦がグアム島沖で消息を絶ち、捜索に向かった防衛海軍がゴジラらしき生物を発見する。過去にゴジラのせいで家族を失った立花准将の予言通り、ゴジラが日本に上陸するが、ヤマトの守護神と呼ばれる3匹の護国聖獣が立ち向かう。