「劇場版ポケットモンスター セレビィ 時を超えた遭遇」は、タイムスリップした少年ユキナリと時を超える力を持つポケモン、セレビィの物語。ユキナリは40年後の世界でサトシたちに助けられ、セレビィを守るために奮闘する。しかし、世界征服を狙うロケット団のビシャスがセレビィを捕え、森を破壊し始める。サトシとユキナリは伝説のポケモン・スイクンの力を借りてセレビィを救い出し、ビシャスの野望を阻止する。しかし、力を使い果たしたセレビィは死に瀕し、その危機を様々な時代のセレビィが救う。