ポケモンマスターを目指し、修業の旅をつづけるサトシたちのもとに、一通の招待状が届いた。しかしそれは、ミュウツーの罠であり、計画であった。そうとも知らず、サトシたちは大荒れの海を渡ってある島を目指す。そこで待ち受けていたのは、オリジナルから、さらに強いポケモンをつくり、人間たちへの逆襲を計画する最強のポケモン『ミュウツー』だった。計り知れないミュウツーのパワーに圧倒され、サトシたちがピンチを向かえた時、あの幻のポケモン『ミュウ』が現われた。かくしてミュウとミュウツーはポケモン史上最高、最強のバトルへ突入していくのだった。一体勝つのはどっちだ？！