「スターシップ・トゥルーパーズ インベイジョン」は、バグに猛襲された地球連邦軍の宇宙基地から脱出した戦艦が突如消息を絶ち、その救出に向かった精鋭部隊がバグに占拠された戦艦と対峙する物語。戦艦が地球を目指していることを知り、若き将軍ジョニー・リコとトゥルーパーズは地球を守るために決死の作戦に打って出る。一方、小惑星上の基地を奪還する任務を受けた兵士たちは、反逆罪で拘束されたヒーローの復帰を認められ、消息を絶った戦艦の捜索と調査を開始する。