「プロジェクトA子」は、怪力で元気な摩神英子（A子）、彼女を慕う天然ボケの寿詩子（C子）、そして英子のライバルである大徳寺美子（B子）の3人が繰り広げる近未来学園SF。隕石落下から復興した東京のグラビトン学園に転校してきたA子とC子。A子は超人的パワーを持ち、C子は能天気で子供のよう。一方、美人で頭脳明晰なB子はC子を自分のものにしようと狙う。幼稚園時代の決闘を思い出したB子は、C子を賭けてA子に挑む。その戦いの幕開けと同時に、巨大な謎の宇宙船が地球に飛来しようとしていた。