「巨神ゴーグ」は、亡き父の友人ウェイブを訪ねた主人公・悠宇が、父が研究していた南洋の孤島“オウストラル”の秘密を巡り、組織“GAIL”から命を狙われる物語。追跡を逃れつつオウストラル島に向かった悠宇は、青い巨人型ロボット“ゴーグ”と出逢い、島に隠された秘密を巡る冒険が始まる。悠宇とゴーグは、異星人マノンとその専用ガーディアンに対峙し、人類の未来を守るために戦う。