"APPLESEED"は、非核大戦後の壊滅的な世界を舞台に、伝説の女性戦士デュナン・ナッツと彼女の恋人ブリアレオスの物語を描く。彼らは無人都市を彷徨い、生き残った人間の数すら不明な状況の中で、若い女性ヒトミから理想郷とされるオリュンポスへの移住を持ちかけられる。オリュンポスは清潔で高度な都市で、人間と人工的に生み出されたバイオロイドが共存し、デュナンとブリアレオスはここで新たな生活を始める。しかし、理想郷と思われたオリュンポスも人間の業を逃れることはできず、彼らはオリュンポスを巡る様々な思惑や陰謀に巻き込まれていく。