中学3年生になった五郎は、子供の頃住んでいた三船鳥町に数年ぶりに戻ってきた。そして三船東中学校に転校した。リトルリーグ時代のチームメイト小森が部長を務める軟式野球部は廃部の危機にあったが、なぜか五郎はサッカー部に入部して周りを驚かす。そして、吾郎の中学生活も終わりを迎え、最初の野球友達でありライバルでもある寿也と同じ海堂高校に進学する。海堂高校は野球の名門高校で、吾郎たちは甲子園出場を夢見て成長してゆく。

「メジャー 第2シリーズ」は、主人公・吾郎が中学から高校時代までの成長と挑戦を描いた作品です。物語は4年後、三船町に戻った吾郎の新たな決断から始まります。前半部では、幼なじみの寿也との対決が描かれ、二人の友情と競争が織りなすドラマが展開します。後半部では、野球の名門校・海堂高校に進学した吾郎と寿也が、1軍入りを目指して懸命に努力する姿が描かれます。野球を通じて青春の喜びと苦悩を体験する吾郎の姿に、視聴者も共感することでしょう。