突然の転属命令を受け他の兵士と共に、惑星オドンにあるレッドショルダーに配属されたキリコ。だが、基地司令官リーマンは、キリコが不死であることを確かめようとグレゴルーたちにキリコ殺害をけしかける…。果たして、キリコは本当に不死身の兵士なのか!?

「装甲騎兵ボトムズ レッドショルダードキュメント 野望のルーツ」は、主人公キリコが伝説の部隊レッドショルダーに所属していた頃の物語を描いた作品です。TVシリーズ以前のエピソードを描くOVA第3弾で、隊員同士の壮絶なバトルが繰り広げられます。また、キリコ誕生の謎についても一部が明らかになり、サスペンス要素がたっぷりと盛り込まれています。伝説の部隊レッドショルダーの実態とキリコの過去、その二つの謎が絡み合うストーリーは、視聴者を引きつけること間違いなしです。