宝崎市の中学生、環いろはは、魔法少女として戦う日々を過ごしているが、魔法少女になった時の自分の願い事が何だったのかを忘れてしまっていた。ある日、いろはは魔法少女の黒江から「神浜に行けば、魔法少女は救われる」という噂を聞く。 その後、戦いを続ける中、思いがけず神浜へとやってきたいろは。いろはは自分の願いが、妹・ういの病気を治すことだったと思い出す。しかし周囲には消えてしまった妹の存在した痕跡がすべて無くなっている。 妹の情報を探すため神浜市に向かったいろははだが、魔女に襲われてしまい3人組の魔法少女に助けられる。

「マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝」は、魔法少女とウワサの集まる街を舞台に、失われた願いを求める物語です。主人公たちは、自分たちの願いを叶えるために戦い、困難を乗り越えていきます。新しい物語とともに体感できる同名スマートフォンゲームをアニメ化した作品で、魔法少女たちの新たな冒険と成長を描いています。視覚的な魅力と深いストーリーテリングが組み合わさった、魔法少女ジャンルの新たな一面を見せてくれます。