人形文楽遣いとして修業中の青年・左近は、相棒の童人形・右近を持つことで人形遣いとしての天性の資質を発揮する。腹話術の技量が高いのはもちろん、鋭い洞察力も持ち合わせており、彼が出くわす様々な悲しい凶悪事件を、次々と解決へ導いていく。

「人形草紙あやつり左近」は、人形文楽遣いの青年が主人公で、童人形を操りながら様々な事件を解決していく異色のサスペンスアニメです。物語の斬新さは、人形を用いた謎解きにあり、その人形の使い方は独特かつ絶妙です。予想できない展開と謎解きの連続が視聴者を引きつけ、たびたび「やられた！」と感じさせる楽しさがあります。