舞台はヨーロッパ。ある国の公益法人、社会福祉公社では“国のための仕事”と称し、様々な理由で少女たちが集められた。その少女たちは「条件付け」を施され「義体」として「暗殺」などの仕事に利用されていた。少女たちにはそれぞれを管理する諜報官の男たちいて、少女たちを管理・命令し、戦わせるのであった。

社会福祉公社によって自由な身体と仕事を与えられ少女たちは公社の施設と殺しの現場を行き来するのみの毎日ではあったが、少女たちはとても幸せであった。それが与えられた幸せであっても・・・。

"GUNSLINGER GIRL"は、ヨーロッパを舞台に、公益法人・社会福祉公社が少女たちを集め、"国のための仕事"と称して暗殺などの仕事に利用する物語。少女たちは「条件付け」を施され、「義体」として活動し、それぞれを管理する諜報官の男たちによって命令され、戦わされる。自由な身体と仕事を与えられた少女たちは、公社の施設と殺しの現場を行き来する日々を送りながら、それが与えられた幸せであると感じている。