絶滅したはずの孤高の獣、狼。だが彼らは、その姿を時折人間に変えて人の眼を惑わせながら生き伸びていた。「楽園」を探し求めて行き倒れたキバ。荒涼とした街角で少年窃盗団を束ねながらも孤立するツメ。街に溶け込み飄々と暮らすヒゲ。偶然か必然か、三人はとある街で邂逅し、新たな狼の物語がその幕を開ける。

"WOLF'S RAIN"は、絶滅したとされる狼たちが人間の姿に変わり、生き延びる物語。主人公キバは、狼だけが許された世界「楽園」へ導く「月の花」の匂いを追い求め、ツメ、ヒゲ、トオボエといった狼の仲間たちと共に荒廃した世界を旅する。途中で貴族が作り出した「花の少女・チェザ」に出会い、彼女もまた楽園への鍵となる。一方で、チェザの研究に没頭するシェール、元夫のハブ、狼に復讐を誓うクエント元保安官、そして謎の貴族ダルシア三世もまた、それぞれの思惑でキバたちと交錯する。