「極上生徒会」は、宮神学園に転校した蘭堂りのが、学園の最高機関である「極上生徒会」に入る物語。極上生徒会は、理事長兼学生の神宮司奏が会長を務め、教職員以上の権限を持つ組織で、メンバーには特権が与えられる。しかし、その実体は奏の「親衛隊」であり、奏の理想を実現するために身を賭す集団。りのは、ペンフレンドの紹介で転入し、クラス委員選挙で前クラス委員を破り、奏の意向で極上生徒会に入ることに。その結果、多くの生徒達の反発を招くが、奏の愛情に支えられ、りのは極上生徒会に馴染んでいく。