「一球さん」は、画業50周年を迎えた水島新司の人気野球漫画のアニメ版。主人公は、野球の素人だが抜群の身体能力を持つ巨人学園の真田一球。彼は、名門意識がはびこる巨人学園野球部に風穴を開けるために岩風監督によってスカウトされる。一球と同じく1年生の“三球士”と呼ばれる堀田、一角、司も一緒に入部。野球部のエース大友らは岩風に不信感を抱くが、一球のひたむきさと三球士の実力により、チームは団結心を欠いたまま夏の甲子園大会を勝ち進む。一球の不思議な力は、果たして忍者の末裔から来るのか？