「プリズン・ブレイク」は、優秀な建築設計士マイケル・スコフィールドが、副大統領の兄弟殺しの罪で死刑判決を受けた兄リンカーン・バロウズを救うために、自ら銀行強盗を犯し刑務所に入る物語。マイケルは以前その刑務所の改修工事に携わっており、設計図を全身にタトゥーとして刻み込む。彼はその知識とIQ200の頭脳を駆使し、死刑執行前に兄と共に脱獄を試みる。タイムリミットは残り60日。陰謀の黒幕から逃げ切ることはできるのか。