前シーズン最終話で脱獄した13人のシリアルキラーは、BAUに出向してきたルーク・アルヴェスの活躍により8人が逮捕。そんなある日、シリアルキラーのダニエル・カレンと同じ手口の事件が発生し、被害者・ブライアンの腹には「BAU」の文字が刻まれていた。

「クリミナル・マインド/FBI vs. 異常犯罪 シーズン12」は、BAUが史上最大の危機に直面する物語です。前シーズンで離職したデレク・モーガンに続き、リーダーのアーロン・ホッチナーが特別任務のため緊急離脱します。その結果、ホッチやリードがまさかの事態に。そんな中、完全復帰したエミリー・プレンティスが新生BAUを率いて奮闘します。シリーズ第12弾となるこのシーズンでは、チームの絆と新たなリーダーシップが試されることとなります。