巨大隕石が地球に落下する。地球滅亡まで、あと10日。
生きがいのない日々を送っていたサラリーマンの仁科真澄は、残された時間を静かに過ごそうと、母校の大学図書館を訪れる。そこで偶然再会したのは、かつて自分を深く傷つけた男・日下部律だった。真澄は大学時代同じサークルに所属していた律に次第に惹かれていき、特別な関係へと発展していったが、性に奔放な律に裏切られ捨てられてしまう。それ以来、真澄にとって律は二度と会いたくない男だった、はずだが――。
「地球最後の日まで一緒にいない？」という提案を拒絶し立ち去ろうとする真澄に、律は「飲むだけで楽に死ねる薬」を見せる。
律「それあげるから、手伝って欲しいんだよね」
真澄「何を？」
律「死体の処理」
真澄と律が過ごした学生時代の甘い夜から、二度と太陽が昇らない地球滅亡の最期の日まで。果たして2人は、世界は、どうなってしまうのか。もどかしくて愛おしい、ドキドキとズキズキが交錯する、終末ボーイズラブストーリー。

「僕らのミクロな終末」は、地球滅亡まで10日を切った世界で再会した二人の男性、仁科真澄と日下部律の物語。かつて裏切られた真澄は、律との再会を避けていたが、律から「地球最後の日まで一緒にいない？」という提案を受ける。律は「飲むだけで楽に死ねる薬」を見せ、「死体の処理」の手伝いを頼む。終末を迎える世界で、二人はどう過ごすのか。甘くもどかしい、終末ボーイズラブストーリー。