葵みどり（あおい・みどり／石原さとみ）は萬津（よろづ）総合病院薬剤部で働くキャリア8年目の病院薬剤師。同じ薬剤部の刈谷奈緒子（かりや・なおこ／桜井ユキ）の指示のもと、羽倉龍之介（はくら・りゅうのすけ／井之脇海）や工藤虹子（くどう・にじこ／金澤美穂）ら病院薬剤師たちが、山のように舞い込んだ処方箋をひとつひとつ確認し、調剤、監査といった膨大な作業量をスピーディーにこなしていく。ある日、そんな薬剤部に新人の相原くるみ（あいはら・くるみ／西野七瀬）がやってくる。人手不足に頭を抱える薬剤部にとっては明るいニュースだが、「向いてなかったら辞めようと思ってます」ときっぱり言い切るくるみ。薬剤部部長の販田聡子（はんだ・さとこ／真矢ミキ）がくるみを連れて院内を案内していると、救急センターに心停止の急患が運ばれてくる。そこでくるみは、医師や看護師と連携して緊急処置に当たる病院薬剤師・瀬野章吾（せの・しょうご／田中圭）とみどりの姿を目の当たりにする。

「アンサング・シンデレラ 病院薬剤師の処方箋」は、病院薬剤師を主人公にした日本初の医療ドラマ。主人公の葵みどりは、病院薬剤部で働くキャリア8年目の薬剤師で、患者一人一人の薬の調剤、製剤を行いながら、患者の生活につながる薬を提供するために奮闘する。薬剤師は医師の処方箋に唯一異議を唱えることができ、患者にとっては“最後の砦”ともいえる存在。彼らの知られざる舞台裏を描く本作は、医師や看護師のように頼られず、親しまれなくても、“縁の下の力持ち”として患者のために奮闘する病院薬剤師たちのヒューマンドラマである。