「新必殺仕置人」は、江戸時代の殺し屋組織「寅の会」を舞台に、主水（藤田まこと）が自身の命が競り市にかけられたことから始まる物語。主水はかつての仲間である鉄（山崎努）と再会し、自身が命を狙われる理由を探る。一方で、主水が斬った盗賊の女房お兼（二宮さよ子）も襲ってきて、彼の窮地は深まる。頼み人は与力の筑波（岸田森）で、盗賊の隠し金を手に入れようとした筑波の不正を主水が見破ろうとしていたことが明らかになる。主水は鉄たちの助けを借りて窮地を脱し、鉄のチームに加わり、弱者の晴らせぬ怨みを晴らしていく。