任務の最中、イーサン･ハント（トム･クルーズ）はチームを救うことを選ぶ。その結果、盗まれたプルトニウムが敵の手に渡ってしまう。イーサンは核の脅威を食い止めるため、ＣＩＡのタフなエージェント（ヘンリー･カヴィル）と手を組まざるを得なくなる。

「ミッション:インポッシブル フォールアウト」では、イーサン・ハント（トム・クルーズ）がチームを救うためにプルトニウムを敵に奪われてしまう。その結果、核の脅威を防ぐためにCIAのエージェント（ヘンリー・カヴィル）と手を組む。再びプルトニウムを奪還するため、そして同時核爆発を防ぐための新たなミッションが下される。手掛かりは“ジョン・ラーク”という名前と、謎の女“ホワイト・ウィドウ”。世界に迫る終末の危機、チームや愛する人々の危険、そして予期せぬ余波がイーサンに降りかかる。