1930年代、戦渦のイギリス。美しいセシーリアは、ある夏の日、兄妹のように育てられた使用人の息子・ロビーを愛していることに初めて気づく。しかし生まれたばかりの二人の愛は、多感な妹・ブライオニーの哀しい嘘によって引き裂かれる。

「つぐない」は、1930年代の戦争下のイギリスを舞台に、身分差を超えて愛し合うセシーリアと使用人の息子ロビーの悲劇的な恋を描く。しかし、その愛はセシーリアの妹ブライオニーの誤解と嘘により破壊され、ロビーは冤罪で投獄される。4年後、ロビーは兵士としてフランスへ出征し、セシーリアとの再会と未来の夢を心の支えに戦場を生き抜く。一方、罪悪感に苛まれたブライオニーは看護婦となり、真実を明らかにするために小説を書き始める。しかし、現実は過酷で、ロビーとセシーリアはそれぞれ戦争で命を落とす。ブライオニーは自身の過ちを償うため、二人にハッピーエンディングを与える小説「つぐない」を書き上げる。